Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine (kasnije donekle izmijenjena) optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine, u sklopu tzv. Udruženog zločinačkog poduhvata. Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. #Obje su hrvatske koalicijske vlasti, i ona predvođena #SDP-om (2000.-2004.), i ona predvođena #HDZ-om (2004.-2011.), #priznavajući legitimitet Haaškoga suda, #pozivali Gotovinu da se preda. U međuvremenu, glavna haaška tužiteljica Carla del Ponte je u više navrata optuživala državni vrh RH da namjerno skriva (ili podupire skrivanje) Ante Gotovine i sufinancira njegov bijeg. Carla del Ponte je optuživala je i katoličko svećenstvo u Hrvatskoj i BiH da ga skriva u svojim samostanima. Tražila je od Vatikana da zbog tog kazni svećenstvo, što je Sveta Stolica odbila. Carla del Ponte je zbog tog kritizirala i samog papu Benedikta XVI. Joaquin Navarro-Valls , glasnogovornik Svete Stolice, izjavio je da je nadbiskup Giovanni Lajolo , ministar vanjskih poslova Vatikana, odbio pomoći jer mu Carla del Ponte nije pružila nijedan dokaz za svoje tvrdnje. Vodstvo Katoličke crkve u Hrvatskoj se razljutilo na tvrdnje Carle del Ponte.
Francuski bivši obavještajac Philippe Rondott tvrdi 2007. godine da je Gotovinu od progona 2000.- ih godina pa do uhićenja na Kanarskim otocima skrivala francuska vojna tajna služba DGSE, uz znjanje najvišeg vrha francuske države.
Nakon višegodišnjeg skrivanja Gotovina je uhićen na današnji dan prije 12 godina na Kanarskim otocima (Španjolska), dana 7. prosinca 2005. Nekoliko dana prije samoga uhićenja, stigao je na Tenerife u pratnji australskog Hrvata Joze Grgića ‘Jablana’. Kada su se navečer spustili u restoran hotela Bitácora u kojem je general tih dana prebivao, u 21:10 prišlo im je 8 službenika španjolske policije i uhitilo ih. Grgić je nakon nekoliko sati pušten, a Gotovina je prebačen u španjolski zatvor Soto del Real, 40-ak km od Madrida.
Za prijavu u hotelu Bitácora koristio je putovnicu na ime Kristijan Horvat za kojega se već navodno znalo kako je jedan od njegovih lažnih identiteta, te je upravo ta činjenica bila ključna za generalovo uhićenje. Gotovina je u trenutku uhićenja uza se imao 12.000 € gotovine.
MEDIJI O UHIĆENJU
Dio medija je uhićenje Ante Gotovine – kojemu teška krivnja uopće nije bila dokazana, nego će se 7 godina kasnije dokazati suprotno – popratio vrlo zluradim komentarima: prepoznavali su neki krugovi to uhićenje kao dio procesa “detuđmanizacije” koji je navodno bio potreban Hrvatskoj. Čak se u medijima prenosilo neprovjerene tvrdnje da je Ante Gotovina u prošlosti bio u Francuskoj tobože “višestruko osuđeni kriminalac”, “gangster” koji je navodno “pljačkao draguljarnice, otimao ljude i iznuđivao novac pod prijetnjom ubojstva”. Pojedini pisci i spikeri koristili su još tijekom optužbe i lova (do danas nekažnjeno) izraz “ratni zločinac” i “ratni zločini”, ne rabivši atribut osumnjičenika i navodnosti. Za uhićenje Gotovine, francuski ministar Philippe Douste Blazy izjavio je to “dobra vijest za Balkan i europski kontinent”, glavni tajnik NATO-a Jaap de Hoop Scheffer da je to “dobra vijest za svijet”, a hrvatski mediji ovako:
– Jutarnji list: popratio je naslovima Najbolja vijest za Republiku Hrvatsku, Nećemo dopustiti ulične nemire (intervju sa Sanaderom),
– Vjesnik: Vjerodostojnost nema alternative i Akcijski plan završen, obveze ostaju,
– Novi list: Sanader nije izdajnik, a ni Gotovina nije svetac.
Gotovina je 9. prosinca prebačen u UN-ov zatvor u Scheveningenu (Nizozemska), gdje je smješten i čekao početak suđenja.
11. ožujka 2008. godine na Haškom sudu počelo je suđenje Anti Gotovini, Mladenu Markaču i Ivanu Čermaku. Na svojim prvim pojavljivanjima pred Haškim sudom izjasnili su se da se ne osjećaju krivima.
Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, kriv je za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a sud ga je oslobodio odgovornosti za prisilno premještanje. Određena mu je kazna od 24 godine zatvora.
Dana 16. studenog 2012. general Gotovina je drugostupanjskom (pravomoćnom) presudom oslobođen svih optužbi i pušten na slobodu.
