Teologiju je studirao na Gregoriani u Rimu, gdje je 1930. bio zaređen za svećenika. 1934. bio je imenovan zagrebačkim nadbiskupom koadjutorom, a 1937. nadbiskupom i metropolitom. Kao nadbiskup osnivao je nove župe i gradio mnoge crkve, poticao djelovanje katoličkih udruga (Caritas, Katolička akcija). U ratnim prilikama mnogo je očekivao od proglašenja hrvatske države (1941.), ali se zbog počinjenih nedjela i diskriminacijskih zakona uskoro distancirao od režima (štitio Židove, Srbe, Rome) te je prosvjedovao protiv odmazdi i progona.
Nakon II. Svjetskoga rata odbio je prijedlog Josipa Broza Tita (1945.) o odvajanju Katoličke crkve u Hrvatskoj od Svete stolice, tj. uspostavi Hrvatske nacionalne crkve, i tražio od komunističkih vlasti prekid represije i osvete nad ideološkim protivnicima. Pod optužbom za suradnju s ustaškim režimom bio je uhićen (1946.) i na namještenom procesu osuđen na 16 godina strogoga zatvora. Bio je zatočen u Lepoglavi do 1951., kada je pod pritiskom svjetske javnosti premješten u kućni pritvor u župni dvor u Krašiću, gdje je ostao do smrti.
Papa Pio XII. imenovao ga je kardinalom 1952. godine, što je dovelo do konflikta s komunističkom vlašću koja mu je ponudila da napusti Hrvatsku, no Stepinac je to odbio. U internaciji je pisao i prevodio. Grob mu je u zagrebačkoj katedrali. Papa Ivan Pavao II. proglasio ga je blaženim 1998. godine.